معظم مرضى القولون المتهيج قد لا يتوضح لهم السبب في تحفيز الأعراض كالمغص والإمساك أو الإسهال، لذلك ما يمكن فعله هو علاج الأعراض فقط عوضاً عن علاج المرض نفسه، فلم يتم التوصل بعد لطرق علاج هذا المرض.

ويمكن التحكم في الأعراض الخفيفة عن طريق الابتعاد عن الضغوطات النفسية والعصبية، وتغيير أسلوب الحياة واتباع حمية مناسبة وشرب الماء بكميات كافية خلال اليوم، وممارسة الرياضة بشكل يومي. أما إذا كانت الأعراض أشد قوة وأثرت على حياة المريض ونشاطاته بشكل كبير، أو لم يتم الاستفادة من الطرق العلاجية السابقة، ففي هذه الحالة يجب استشارة الطبيب لوصف الدواء المناسب، مع الأخذ بالاعتبار الأعراض الجانبية للدواء ودواعي استخدامه وتفاوت درجة فعاليته من مريض إلى آخر.

مما يلي طرق علاج القولون العصبي:
1. تغيير نمط الحياة والعادات الغذائية
2. تناول الأدوية المخففة لأعراض القولون المتهيج
3. تناول الأدوية الخاصة بمرض القولون المتهيج
4. الطب البديل

1- تغيير نمط الحياة والعادات الغذائية:

1- الابتعاد عن المشروبات الغازية والمشروبات التي تحتوي على الكافيين كالقهوة.
2- التقليل من الأطعمة التي تحتوي على "فودماب FODMAP" وسنتحدث عنها في المقالة القادمة.
3- تناول الأطعمة التي تحتوي على الألياف كالخضروات والفواكه، ولكن يجب إدخالها في الحمية تدريجياً، لأن بعضها قد يزيد من الأعراض أو يسبب الإمساك أو تزيد من الغازات، كبعض الخضروات مثل الملفوف، والبروكلي، والقرنبيط.
4- التقليل والابتعاد عن الأطعمة المقلية والحارة التي تحتوي على توابل وبهارات. 
5- تجنب الأطعمة التي قد تهيج القولون عند بعض المرضى مثل الشوكولاتة، ومنتجات الحليب، والمحليات الصناعية، والجلوتين المتواجد في القمح والشعير. ويمكن معرفة هذه الأطعمة إما عن طريق ملاحظة ظهور الأعراض عند تناولها أو عن طريق فحص دم يعرف باختبار عدم تحمل الغذاء "food intolerance test". 
6- تجنب أكل العلكة أو الشرب بواسطة القشة، لأن ذلك قد يؤدي إلى بلع الهواء، مما قد يسبب انتفاخات وغازات.
7- تناول الوجبات خلال أوقات محددة يومياً وتقسيمها إلى عدة وجبات صغيرة؛ قد يساعد في تنظيم حركة الأمعاء.
8- تجنب منتجات الحليب في حال عدم تحمل اللاكتوز "سكر الحليب"، ويمكن تناولها عند مزجها مع غيرها من الأطعمة، لكن في بعض الحالات يجب الامتناع عن الحليب ومنتجاته كلياً، ويمكن التعويض عن الكالسيوم من مصادر أخرى.
9- شرب الماء بكميات كافية خلال اليوم يساعد على تنظيم حركة الأمعاء وتجنب الإمساك.
10- ممارسة الرياضة بشكل منتظم يمكن أن يساعد في التخفيف من الضغوطات والاكتئاب، وأيضاً في تنظيم حركة الأمعاء.

2- تناول الأدوية المخففة لأعراض القولون المتهيج:

1. الألياف "على هيئة بودرة أو كبسولات" مثل سيليوم وميثيل السليولوز، يمكن تناولها مع الماء للتخفيف من الإمساك. ويجدر للذكر أن الألياف التي يتم الحصول عليها من الأطعمة قد تسبب انتفاخ وغازات عند بعض المرضى أكثر من الألياف التي تؤخذ على شكل مكملات غذائية.
2. الملينات مثل لاكتيولوز تساعد في علاج الإمساك، وقد يصفها الطبيب إذا لم يستفد المريض من الألياف.
3. الأدوية المضادة للإسهال مثل لوبيرامايد وكوليستايرامين؛ قد تخفف من أعراض الإسهال ولكن قد تسبب انتفاخات.
4. الأدوية المضادة لتقلصات البطن مثل هيوسيامين، وديسيكلومين، وأوتيلونيوم برومايد قد تخفف من المغص، وقد تساعد المرضى الذين يعانون من الإسهال ولكنها قد تزيد من الإمساك أيضاً، ويجب توخي الحذر عند استخدامها من قبل مرضى الجلوكوما "المياه الزرقاء في العين". 
5. مضادات الاكتئاب مثل مضادات الاكتئاب ثلاثية الحلقات أو مثبطات إعادة امتصاص السيروتونين الانتقائية؛ تفيد المرضى الذين يعانون من الاكتئاب أو الألم، حيث إنها تؤثر على نشاط الخلايا العصبية التي تتحكم في القولون. وتجدر الإشارة إلى أن أدوية الباروكستين والفلوكستين قد يستفسد منها المرضى المصابون بالإمساك. بالإضافة إلى الأدوية يمكن الحصول على الاستشارة النفسية من المتخصصين للمرضى الذين يعانون من الاكتئاب والضغوطات النفسية.
6. المضادات الحيوية مثل "ريفيكسيمين" قد يستفيد منها المرضى الذين يعانون من القولون المتهيج بسبب فرط تكاثر البكتيريا في الأمعاء، وخاصة الذين يعانون من الإسهال، حيث يمكنهم الاستفادة من بعض الأدوية.

3- تناول الأدوية الخاصة بمرض القولون المتهيج:

1- ألوسترون Alosetron : مصرح من هيئة الدواء والغذاء لعلاج القولون المتهيج للنساء اللاتي يعانين من الإسهال الحاد المزمن، الذي لم يستجب لأي علاج سابق للقولون، فهو يساعد في ارتخاء القولون وتنظيم حركته، وقد تم سحبه من الأسواق سابقاً لكن تم إرجاعه في عام 2002 مع وجود تحذيرات وتقييد وصفه للأطباء الاختصاصيين، وكذلك لا توجد دراسات كافية تثبت مدى فعاليته أو خطورته على الرجال.
2- لوبيبروستون Lubiprostone : مصرح من هيئة الدواء والغذاء لعلاج القولون المتهيج وهو دواء ملين يساعد في حالات الإمساك المزمن، كما أنه قد يخفف من المغص والانتفاخ.
3- ميبيفيرين  Mebeverine : يستخدم كعلاج للقولون المتهيج مع إمكانية استخدامه لأمراض أخرى، وهو مضاد للتقلصات، حيث له تأثير على العضلات الملساء للقناة الهضمية، وخاصة القولون، لذلك فهو مفيد في حالات المغص والانتفاخ.
4- ليبراكس Librax :  هذا الدواء عبارة عن مزيج من نوعين من الأدوية، أحدهما مضاد للتقلصات لذلك يساعد في التخفيف من المغص، والآخر يعمل كمهدئ يقلل من القلق والتوتر، لكن يجب عدم استخدام هذا الدواء لفترة طويلة لما قد يسببه من تعود أو إدمان.
5- ليناكلوتايد Linaclotide : مصرح من هيئة الدواء والغذاء لعلاج القولون المتهيج  في حالة الإمساك المزمن.
6- إلوكسادولين Eluxadoline  : مصرح من هيئة الدواء والغذاء لعلاج القولون المتهيج في حالة المغص والإسهال.
7- تيغاسيرود Tegaserod : يساعد في حالة الامساك لكن تم سحبه من الأسواق في عام 2008 لتأثيره على الأوعية الدموية والقلب وتسببه بالجلطة عند بعض المرضى.

4- الطب البديل:

هناك طرق أخرى للتخفيف من أعراض القولون العصبي، لكن لا توجد دراسات كافية تثبت فعالية بعضها، ومن هذه الطرق:
1. الإبر الصينية.
2. التنويم المغناطيسي. 
3. اليوجا والتأمل وتمارين الاسترخاء والمساج.
4. الأعشاب والأنزيمات. 
5. خمائر البروبيوتيك والتي تتوافر في بعض الأطعمة مثل اللبن، الجبن أو المكملات الغذائية كالكبسولات، وهي عبارة عن كائنات حية دقيقة من البكتيريا النافعة، وقد اثبتت بعض الدراسات فعاليتها في التحكم بأعراض القولون المتهيج، حيث أنها تساعد على تحسين وظيفة الأمعاء، وتساعد على مكافحة البكتيريا الضارة التي تسبب الإسهال والانتفاخ.